焦亚硫酸钠具有无毒，不致病，无致毒性，对植物的生长和遗传无影响;菌净化工程排放水对动植物无不利影响，工业应用菌卫生、管理方便;焦亚硫酸钠净化重金属废水工程中应用菌安全，从而消除了人们对菌工业应用是否会带来新危害的疑虑。
焦亚硫酸钠复合功能菌的安全性,焦亚硫酸钠如酵母细胞壁的葡聚糖、甘露聚糖、蛋白质N一乙酰糖胺等成分均可作絮凝剂;经过碱水解产生脱乙酰几丁质，聚合硫酸铁壳聚糖含有活性氨基和羟基、对带电荷的金属离子具有极强的絮凝能力。另外焦亚硫酸钠生物菌体分泌到细胞外的代谢产物也可对金属废水产生很好的絮凝作用。焦亚硫酸钠有电镀、热镀废水需要处理的单位，也可以到污水宝项目服务平台咨询具备类似污水处理经验的企业。一般在我国，焦亚硫酸钠应用于环境保护。据微生物杀虫剂、焦亚硫酸钠微生物饲料和生物制剂的安全性等有关资料，将毒理学、微生物学、免疫学、病理学、血液学和流行病学科的理论与电镜技术结合，创造性地研究了复合菌的安全性。为生物化学的发展又上升了一个阶段。
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